「その件についてはまだ疑いの余地があると、その証拠がはっきりと示している」
→「The evidence clearly shows that there is still room for doubt about it.」
「その件についてはまだ疑いの余地があると」「その証拠が」「はっきりと」「示している」
「clearly」の位置は「一般動詞の前」に置きます。
「〜がある」は「there is ~」「there are ~」
「疑いの余地がある」は「there is room for doubt」
となります。
「まだ」は「still」
「その件について」は「about it」
「〜ということ」は「that ~」
なので「that there is still room for doubt about it」となります。
「その件についてはまだ疑いの余地があると、その証拠がはっきりと示している」は「The evidence clearly shows that there is still room for doubt about it.」
となります。