「彼女はその窓を割ったのを否定した。」
→「She denied breaking the window.」
「彼女は」「その窓を」「割ったのを否定した」
「deny ~ing」で「〜するのを否定する」という意味になります。
「割ったのを否定した」は「denied having broken」でも表現できますが、 普通は「否定」するのは「過去にしたこと」を示すため、回りくどい表現になってしまいます。 シンプルに表現できる部分はシンプルに表現する方が自然です。
「彼女はその窓を割ったのを否定した。」は「She denied breaking the window.」
となります。